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顯微鏡是在1590年由荷蘭的詹森父子所首創(chuàng)。顯微鏡的類型有許多。最常見的（和第一個(gè)被發(fā)明的）是光學(xué)顯微鏡，其使用樣品的光圖像。其他主要的顯微鏡類型是電子顯微鏡（透射電子顯微鏡、X光顯微鏡、掃描電子顯微鏡）、超顯微鏡，和各種類型的掃描探針顯微鏡。
1953年，弗里茨·塞爾尼克因?yàn)閷?duì)相襯法的證實(shí)，發(fā)明相襯顯微鏡獲得諾貝爾物理學(xué)獎(jiǎng)。
1986年，恩斯特·魯斯卡因研制第一臺(tái)透視電子顯微鏡獲得諾貝爾物理學(xué)獎(jiǎng)。格爾德·賓寧、海因里?！ち_雷爾因研制掃描隧道顯微鏡獲得諾貝爾物理學(xué)獎(jiǎng)。
2014年10月8日，諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)?lì)C給了艾力克·貝齊格(Eric Betzig)，W·E·莫爾納爾(William Moerner)和斯特凡·W·赫爾 (Stefan Hell)，獎(jiǎng)勵(lì)其發(fā)展超分辨熒光顯微鏡(Super-Resolved Fluorescence Microscopy)，帶領(lǐng)光學(xué)顯微鏡進(jìn)入納米級(jí)尺度中。
2017年，雅克·杜博歇、約阿希姆·弗蘭克、理查德·亨德森因研制用于溶液內(nèi)生物分子的高分辨率結(jié)構(gòu)測(cè)定的低溫電子顯微鏡獲得諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)。
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